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Lain Iwakura
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L'héroïne de la série. Cette jeune fille est au début de la série complètement dans sa bulle, très introvertie, seule Alice Mizuki semble s'intéresser à elle. Sa vie avec ses parents et au collège est platonique. Puis, elle reçoit un mail de Chisa Yomoda, une fille de son collège, qui s'est récemment suicidée. Dès lors, elle se décide à avoir un nouvel ordinateur pour pouvoir mieux utiliser le Wired, comme lui conseille Chisa et Alice. Cette dernière essaye de la faire sortir de sa solitude et l'emmène dans un night-club ou il semblerait qu'on l'ait aperçue, alors qu'elle même assure ne pas le connaitre. La soirée tourne mal quand un fou armé tue une personne, Lain va néanmoins le pousser à se suicider, en prononçant une étrange phrase. Après cela, le comportement de Lain va de plus en plus se modifier, elle va finir par comprendre que la Lain du Wired interagit avec la vraie Lain, la poussant à faire des choses qu'elle ne désire pas. Au long de la série, les deux Lain vont se développer de leur côté mais vont laisser émerger une troisième Lain, qui va chercher à les détruire, elles et ses amis, en particulier Alice. Lain va finir par comprendre les vrais intentions d'Eiri Masami, créateur du Wired actuel, et va comprendre quel est son réel intérêt dans le Wired. Durant la série, Lain va plus ou moins sombrer dans la schizophrénie et la paranïa, tout comme sa sœur et Alice.
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La coupe asymétrique de Lain exprime son instabilité psychologique. L'anecdote veut qu'à l'origine, le script détaillait l'attache de ses cheveux et son design particulier fait de liens métalliques croisées dessinant - une fois détaché - un signe d'égalité. finalement, Lain ne détachera pas ses cheveux dans la série.
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Yasuo Iwakura
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Le père de Lain et Mika. Il travaille dans l'informatique, dans le même laboratoire qu'Eiri Masami en fait. C'est lui qui va plus ou moins pousser Lain à utiliser le Wired. Il regarde sa fille avec un mélange de peur et de fierté. Étrangement, il ne remarquera même pas ce qui arrive à sa fille ainée.
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Mika Iwakura
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La sœur ainée de Lain. Elle est, selon l'auteur, la seule personne "normale" de la famille. Âgée de quelques années de plus que sa sœur, elle va s'intéresser un peu plus à elle quand celle-ci va s'investir dans le Wired. Malheureusement, Mika va être sérieusement atteinte par les hallucinations projetées involontairement par Lain et le Wired. Traumatisée par les visions d'horreurs que sa sœur lui envoie, elle finira la série à l'état de légume.
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Alice Mizuki
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La meilleure (et seule) amie de Lain. Alice est dans la même classe que Lain et semble la seule à s'intéresser à elle. Alice va tenter d'extirper Lain de sa bulle, mais cela ne va que l'orienter vers le Wired. Les autres Lain vont alors tourmenter Alice, en répandant des rumeurs sur elle dans l'école, ce qui va la plonger dans une profonde dépression. La vraie Lain va elle de son côté essayer de vaincre ses démons intérieurs pour protéger son amie de ses dangereux alter-egos.
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Eiri Masami
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Chercheur à l'institut Tachibana, a développé l'idée d'un réseau neural qui relierait toute l'humanité, sans aucune intervention technique. Afin d'expérimenter sa théorie, Eiri modifia la septième version du protocole et le rendit capable d'exploiter la résonance Shuman. Le scientifique fut licencié lorsque l'institut découvrit ses agissements. Une semaine plus tard, son corps fut découvert sans vie au bord d'une voie ferrée. Eiri Masami est une sorte de gourou du Wired, étant l'un de ses créateurs, cela est surtout dut au fait qu'il possède des "pouvoirs", plus grands dans le Wired, que les autres personnes (à l'exception peut-être de Lain). Il va accéder à une espèce d'immortalité, mais sa désincarnation l'a rendue un peu fou. Il fera tout pour dominer le Wired et détruire la frontière entre ce monde et le monde réel.
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Taro
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Un des hommes de main des Chevaliers. Il veut en fait devenir un des Chevaliers, mais trop jeune (il a à peu près l'âge de Lain), il est cantonné aux petites besognes. Il traine régulièrement au club Cybéria avec deux de ses amis, c'est là qu'il y rencontrera la vraie Lain, il a en effet rencontré le double de Lain dans le Wired. Il va tenter d'aider Lain à percer le mystère des Chevaliers et d'Eiri Masami. En réalité, il est complètement manipulé par ceux-ci.
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Les Hommes en Noir
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Des hommes opposés au Chevaliers. Ce sont des informaticiens, qui se sont donnés pour mission de se débarrasser des Chevaliers et de supprimer définitivement Eiri Masami, qu'il suspecte de vouloir devenir omnipotent dans le Wired. Il vont tout d'abord s'attaquer à Lain, puis vont plus ou moins s'allier à elle pour en finir avec le Dieu du Wired qu'est devenu Masami. Ils sont, il va de soi, extrêmement mystérieux et il est ardu de comprendre ce qu'il veulent réellement.
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Les Chevaliers (Knights)
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Les fidèles d'Eiri Masami. C'est par leur intermédiaire qu'Eiri est devenu si puissant dans le Wired. Ce sont tous des hackers très puissants dans le Wired qui vivent partout dans le monde. Entre eux et les Hommes en Noir, règne une guerre constante. Tout comme leurs ennemis, leurs buts sont très nébuleux.
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